เรื่องราวของ "Hiiragi Utena" สาวน้อยชั้นมัธยมต้นแสนขี้อาย ที่มีความชื่นชอบสาวน้อยเวทมนตร์เป็นพิเศษ เธอนั้นก็เหมือนเด็กสาวทั่ว ๆ ไปที่มีความฝันและอยากจะเป็นแบบสาวน้อยเวทมนตร์ให้ได้ในสักวัน. 

เรื่องราวเริ่มขึ้นในอนาคตของประเทศญี่ปุ่น ที่ซึ่งศิลปะวัฒนธรรมโอตาคุกลายเป็นสิ่งต้องห้าม! ไม่ว่าจะเป็นเกม อนิเมะ มังงะ ฟิกเกอร์ ดนตรี หรือคอสเพลย์ต่างก็ถูกแบนและถูกกำจัดออกจากสังคมจนหมดสิ้น ภายใต้การนำขององค์กรพัฒนาชาติ SSC